Anthropic revendique une enzyme ART : rapidité, débat sur la nouveauté

Anthropic annonce que son IA Claude a identifié en 21 heures un système enzymatique apparenté à CRISPR, nommé ART, et validé comme inédit par des scientifiques. La rapidité de la découverte est saluée, mais une équipe menée par Mario Rodríguez Mestre affirme avoir décrit ces systèmes dès 2022, et la fonction de l'enzyme reste à déterminer. Des chercheurs appellent à la prudence sur l'impact réel et s'interrogent sur l'origine des données utilisées.

Antériorités revendiquées et origine des données mises en cause

Mario Rodríguez Mestre affirme que son équipe a identifié la même enzyme en 2022 et renvoie à un brevet dont il est co-inventeur. Anthropic indique ne pas avoir eu connaissance de ce travail antérieur. Par précaution, l’équipe de Mestre met fin à ses projets avec Claude et se tourne vers d’autres modèles, tout en reconnaissant que des coïncidences peuvent arriver. Selon Mestre et ses collègues, il n’est pas possible de déterminer si Claude a découvert ces enzymes de manière autonome ou s’il a pu être influencé par des recherches non publiées téléchargées dans l’outil, qui auraient pu servir de guide. Ce débat s’inscrit dans un contexte où OpenAI a été accusé d’un cas similaire autour du problème du millénaire de Navier-Stokes, sans pouvoir écarter un entraînement sur des données dérivées de travaux de Levent Alpöge et Tristan Buckmaster. Dans ce cadre, Anthropic ne dispose pas d’une victoire incontestée pour Claude tant que ces questions restent en suspens.

Fonction des ART : travaux en cours et prudence sur l’impact

Anthropic indique que l’étude de la fonction principale des ART est en cours et estime utile de partager ces résultats tôt. Il pourrait cependant s’écouler un certain temps avant de mesurer l’importance de cette découverte, à l’image de CRISPR qui a nécessité environ 20 ans pour être compris, puis près de deux décennies supplémentaires avant la mise au point d’un premier médicament. Bonnie Berger rappelle que le principal obstacle réside dans l’élucidation de la fonction par des analyses approfondies, l’expertise biologique et des expériences ciblées, et avertit qu’une recherche paresseuse en IA peut générer un volume important de découvertes d’observation à faible impact, au détriment de travaux ciblés sur des traitements prometteurs. L’édition génétique a déjà permis des avancées médicales, comme des thérapies pour la drépanocytose, mais la traduction clinique de telles découvertes suppose des étapes longues et complexes.

Procédure : 950 agents, bases publiques et 21 heures de tri

Anthropic indique que l’intervention humaine s’est cantonnée à la définition des instructions et à l’expérimentation en laboratoire, alors que 950 agents d’IA ont parcouru des bases de données publiques. L’enzyme a été identifiée en près de 21 heures, puis des scientifiques l’ont validée comme étant nouvelle. Anthropic estime qu’un tel repérage aurait demandé des semaines ou des mois à des chercheurs humains, une appréciation jugée crédible par des experts. Bonnie Berger souligne que l’exploration des systèmes biologiques des espèces séquencées reste très incomplète en dehors de quelques organismes modèles. Dans ce contexte, trouver un système en 21 heures apparaît nettement plus rapide qu’une recherche humaine sans chance exceptionnelle.

L’objet isolé : une enzyme dans un phage et un système nommé ART

Selon un représentant de Profluent, Claude a observé une transcriptase inverse adjacente à un long ensemble d’ADN répété, rappelant l’architecture de CRISPR. La transcriptase inverse en elle-même avait déjà été décrite, mais l’ensemble répété voisin et une protéine partenaire constituent les éléments partagés par Anthropic. L’enzyme a été trouvée dans un bactériophage, un virus qui cible spécifiquement les bactéries, et appartient à la catégorie des « jumbo phages », virus à grands génomes d’ADN. Anthropic a nommé ce système « array-associated reverse transcriptases », ou ART. Pour Feng Zhang, l’identification d’arrays d’ARN répétés associés à des transcriptases inverses est intrigante et mérite des analyses supplémentaires.

CRISPR permet aux bactéries de se défendre contre les virus

CRISPR est un mécanisme de défense bactérien contre les virus : des extraits d’ADN viral sont archivés dans le génome, puis un ARN guide une protéine de coupe pour neutraliser une nouvelle attaque. Découvert en 1987, CRISPR a conduit à un premier médicament approuvé au Royaume-Uni en 2023 puis par la FDA en 2024. La transcriptase inverse, elle, synthétise de l’ADN à partir d’un modèle ARN ; elle est caractéristique de nombreux virus, dont le VIH, connaissance qui a contribué à la conception de traitements et reste mobilisée aujourd’hui. Contrairement à CRISPR, les transcriptases inverses existent dans divers organismes. CRISPR se repère notamment par des fragments d’ADN répétés et n’a, jusqu’à présent, été mis en évidence que chez les bactéries et les archées.

Entre succès potentiel et limites de l’IA en sciences

Claude a examiné environ 200 000 échantillons de transcriptase inverse, une tâche qui aurait pris des mois à des humains. Si ce type de résultat peut être reproduit, l’IA pourrait ajouter un cas d’usage notable à ses réussites. Elle présente cependant un historique d’échecs dans d’autres domaines, ce qui rappelle que ses performances varient selon les tâches et les contextes.